มาเจลลันได้เดินเรือออกจากเมืองเซบียาในปี พ.ศ. 2062 การเดินทางในช่วง พ.ศ. 2062-2065 ของเขาเป็นการเดินเรือจากมหาสมุทรแอตแลนติกเข้าสู่มหาสมุทรที่มาเจลลันตั้งชื่อว่า "แปซิฟิก" เป็นครั้งแรก และยังเป็นการเดินทางรอบโลกครั้งแรกอีกด้วย แต่ตัวมาเจลลันเองไม่ได้เป็นผู้นำการเดินเรือรอบโลกตลอดเส้นทาง เนื่องจากถูกชนพื้นเมืองฆ่าตายที่เกาะมักตันในหมู่เกาะฟิลิปปินส์เสียก่อน (อย่างไรก็ตาม ก่อนหน้านี้มาเจลลันเคยเดินทางจากยุโรปไปทางตะวันออกสู่คาบสมุทรมลายูมาแล้ว จึงเป็นนักสำรวจคนแรก ๆ ที่เดินทางข้ามเส้นเมอริเดียนเกือบทุกเส้นบนโลก) จากลูกเรือ 237 คนที่ออกเดินทางไปกับเรือ 5 ลำ มีเพียง 18 คนที่สามารถเดินเรือรอบโลกได้สำเร็จและกลับไปสเปนได้ในปี พ.ศ. 2065[1][2] นำโดยควน เซบัสเตียน เอลกาโน นักเดินเรือชาวบาสก์ซึ่งทำหน้าที่บัญชาการเดินเรือแทนมาเจลลัน ส่วนลูกเรือลำอื่น ๆ อีก 16 คนมาถึงสเปนในภายหลัง โดย 12 คนในจำนวนนี้ถูกโปรตุเกสคุมตัวที่หมู่เกาะเคปเวิร์ดระหว่าง พ.ศ. 2068-2070 และอีก 4 คนเป็นผู้รอดชีวิตจากเรือตรีนีดัดที่เดินทางไปด้วย แต่เรือแตกในหมู่เกาะโมลุกกะ
ชื่อของมาเจลลันยังถูกนำไปตั้งเป็นชื่อของ "เพนกวินมาเจลลัน" ซึ่งเชื่อกันว่าเขาเป็นชาวยุโรปคนแรกที่ค้นพบ,[3] "เมฆมาเจลลัน" ซึ่งเขาสังเกตเห็นระหว่างการเดินเรือ ปัจจุบันเป็นที่ทราบกันแล้วว่าที่จริงเมฆนี้เป็นกลุ่มดาราจักรแคระใกล้กับดาราจักรทางช้างเผือก, "ช่องแคบมาเจลลัน" เส้นทางที่มาเจลลันใช้เดินเรือเข้าสู่มหาสมุทรแปซิฟิก และ "ยานมาเจลลัน" ยานสำรวจที่องค์การนาซาส่งไปสำรวจดาวศุกร์ในช่วงปี พ.ศ. 2533-2534
